公司创建于1969年7月，其前身系中国人民解放军兰字910部队制药厂，1978年划归甘肃农垦，更名为甘肃省国营祁连山制药厂，主要生产复方甘草含片、土霉素原料等100多个品种。2006年响应省委省政府号召，改制为甘肃祁连山药业有限公司；2014年2月整体改制为甘肃祁连山药业股份有限公司；2015年1月7日，祁药股份正式获准在新三板挂牌交易。